Black & Decker M205S Manuel d'utilisateur télécharger pdf (Page 5)

Inhaltsverzeichnis

Zusammenfassung vi

1 Einführung 1

1.1 Lichtinduzierte Dynamik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

1.2 Aufbau und Struktur von Proteinen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

1.3 Computersimulationen an Biomolekülen . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

1.3.1 Molekularmechanische Kraftfelder . . . . . . . . . . . . . . . . 8

1.3.2 Simulationsmethoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

1.3.3 Schwachstellen von MM Computersimulationen . . . . . . . . . 11

1.4 Verallgemeinerte-Ensemble Abtasttechniken . . . . . . . . . . . . . . . . 12

1.4.1 Simulated Tempering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

1.4.2 Replica Exchange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

1.4.3 Solute Tempering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

1.5 Die Struktur dieser Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

2 Efﬁzienzreduktion durch RE Simulationen 23

3 Optimierte Replica Exchange Protokolle 31

3.1 Optimale Temperaturleitern . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

3.2 Vergleich verschiedener Austauschschemata . . . . . . . . . . . . . . . . 36

4 Simulated Solute Tempering 43

5 Relaxation eines lichtschaltbaren Peptides 57

6 Resümee und Ausblick 87

Literaturverzeichnis 95

Danksagung 103

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 113 114

Pas de commentaire

Black & Decker M205S Manuel d'utilisateur Page 5